Abrité dans un ancien corps de ferme de type longère, l’Écomusée de la Baie du Mont-Saint-Michel est situé en bordure des herbus, à quelques pas du hameau de Saint-Léonard et de la Pointe du Grouin du Sud. Protégé de la mer par un mondrin, vestige de l’ancienne exploitation du sel de l’Avranchin, le site de l’Écomusée offre une vue remarquable sur la Baie, Tombelaine et le Mont-Saint-Michel.
Acquise par le Conservatoire du Littoral en 1994, la ferme du Routout, dont les plus anciens bâtiments datent de la fin du XVIème siècle, a fait l’objet d’une importante réhabilitation pendant trois ans avant son ouverture en 2001. Le C.P.I.E. Vallée de l’Orne a été chargé d’élaborer le concept et la programmation de l’équipement ainsi que celui de l’exposition permanente. L’opération, financée dans le cadre de « l’opération Grand Site » par le Conseil général de la Manche, le Conseil régional de Basse-Normandie et l’Union Européenne, s’inscrivait alors dans le schéma de valorisation du patrimoine humain de la baie du Mont-Saint-Michel, défini par le Conseil général de la Manche. Ce schéma départemental incluait à l’origine la présence de trois « Maisons de la Baie » côté normand.
En complément de l’accueil de ses visiteurs (point information sur la Baie et musée), la Maison de la Baie / Relais de Vains s’est très vite orientée vers l’accueil des groupes et plus particulièrement des scolaires en proposant de nombreuses animations en lien avec ses thématiques et sa position privilégiée entre terre et mer. Avec le transfert des thématiques de la Maison de la Baie de Courtils en 2010, la Maison de la Baie, est devenue l’Écomusée de la Baie en 2011. L’Écomusée dispose depuis d’outils permettant à ses visiteurs d’appréhender la Baie dans son intégralité (activités des hommes, paysages et nature).